Chùa Nễ Châu (Thuỵ Ứng tự) nằm trên đường Phố Hiến, xã Hồng Nam. Xưa kia, nơi đây là khu vực chợ Nễ Châu, địa danh cuối cùng của Phố Hiến hạ - trung tâm thương cảng Phố Hiến thời kỳ phồn thịnh thế kỷ XVI - XVII.
Chùa Nễ Châu gắn liền với tên tuổi bà Nguyễn Thị Ngọc Thanh. Bà sinh ngày 15 tháng Giêng năm Bính Thân, là người địa phương. Khi Lê Hoàn về đóng quân trấn ải ở đây để chống quân Tống xâm lược, thấy bà xinh đẹp, tài năng đã lấy làm vợ và xây một “Ngọc Dinh Thự” ở chợ Nễ Châu để bà ở. Lê Hoàn còn mua thêm đất, phong cho Nguyễn Thị Ngọc Thanh làm chính thất phu nhân. Bà đã có công giúp đỡ nghĩa quân cất giấu lương thảo,... Giặc tan, Lê Hoàn lên ngôi hoàng đế, một phần do không có con, hơn nữa cha mẹ lại già yếu không có người phụng dưỡng, Ngọc Thanh đã xin nhà vua cho ở lại quê hương, Lê Hoàn đồng ý và cử người con thứ 9 là Lê Long Kính (hiệu Trung Quốc Đại vương) thay mình trấn giữ vùng này và cũng là để chăm nom Bà.
Tương truyền, chùa Nễ Châu được khởi dựng từ thời Tiền Lê, quy mô ban đầu còn nhỏ. Khi Lê Hoàn đi qua đây đã cho khởi công xây dựng một ngôi chùa mới trên đất làng Phương Cái (ngày nay là thôn Nễ Châu), thay thế cho ngôi chùa cũ đã đổ nát. Khi chùa xây xong, dân làng Phương Cái không đủ tiền trả công thợ. Lê Hoàn truyền rằng: “Nếu làng nào đủ tiền trả công thợ thì chùa thuộc về làng đó”. Bấy giờ, dân làng Nễ Châu nhờ đến sự giúp đỡ của gia đình bà Nguyễn Thị Ngọc Thanh nên đã trả được công cho thợ nên chùa thuộc về làng Nễ Châu từ đó.
Trải qua các triều đại, chùa Nễ Châu đều được trùng tu, tôn tạo. Lần tu sửa gần đây nhất là vào thời Nguyễn, niên hiệu Bảo Đại nguyên niên (1926). Hiện nay, chùa có kiến trúc kiểu “nội Đinh ngoại Quốc” gồm các hạng mục: Tam quan chồng diêm hai tầng tám mái, 07 gian Tiền đường, 04 gian Thượng điện, 07 gian nhà Tổ và 02 dãy hành lang. Các hạng mục mới còn tương đối đồng bộ, vững chãi.
Sau khi bà Nguyễn Thị Ngọc Thanh mất, nhà vua vô cùng thương tiếc, đã cho lập đền Nễ Châu để phụng thờ bà, đồng thời nhà vua còn phong bà làm “Ngọc Thanh Hoàng hậu”. Ngôi đền được trùng tu vào thời Nguyễn với kiến trúc kiểu chữ Đinh gồm 03 gian Tiền tế và 02 gian Hậu cung. Các bộ vì được làm từ vật liệu gỗ, chạm khắc kiểu con chồng đấu sen. Gian trung tâm đặt ban thờ Trung Quốc Đại vương là con thứ chín của Lê Hoàn, người được giao trấn giữ vùng đất Nễ Châu. Sau khi ông mất được phong làm thành hoàng của làng. Còn tại gian cung cấm đặt ban thờ và tượng bà Nguyễn Thị Ngọc Thanh.
Chùa Nễ Châu còn bảo lưu được hệ thống tượng phong phú, đa dạng mang đậm giá trị điêu khắc thời Hậu Lê, tiêu biểu là tượng Tuyết Sơn và ba pho Tam thế cùng chuông đồng, khánh đá niên đại thời Lê và nhiều đồ thờ tự có giá trị khác.
Chùa Nễ Châu được Bộ Văn hóa - Thông tin xếp hạng là di tích “Kiến trúc nghệ thuật” cấp Quốc gia ngày 02/12/1992 tại Quyết định số 3959-VH/QĐ. Đây cũng là một trong những di tích tiêu biểu thuộc Khu di tích quốc gia đặc biệt Phố Hiến được Thủ tướng Chính phủ xếp hạng năm 2014.